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Español

Instalar paquetes de R​

Requisitos para instalar paquetes​

Requerimientos para instalar paquetes en red (debe tener acceso a Internet)​

  • Conectarse a login0 de MareNostrum4:

    mylaptop$> ssh {username}@mn0.bsc.es
    IMPORTANTE

    El login0 de MareNostrum4 está restringido al personal del BSC y sólo es accesible desde la red interna del BSC o la Red Privada Virtual (VPN).

  • Comprobar la conectividad a Internet desde login0:

    $> wget --tries=3 --timeout=5 -q --spider google.com && echo "Networked" || echo "Non-networked"
    Networked

Instalar y gestionar paquetes​

Instalar paquetes​

CRAN​

  • Instalar un paquete desde CRAN:

    $> install.packages("SomePackage")

  • Instalar varios paquetes a la vez:

    $> install.packages(c("A", "B", "C", "D"))

Actualizar paquetes​

CRAN

  • Actualizar uno o varios paquetes específicos:

    $> update.packages(oldPkgs = c("A", "B"))

  • Actualizar todos los paquetes:

    $> update.packages()

Bioconductor

    $> BiocManager::install()

Eliminar paquetes​

  • Eliminar un paquete:

    $> remove.packages("SomePackage")

Trabajar con entornos​

  1. Crear un fichero llamado ~/.Renviron que contenga la línea siguiente:

    $> R_LIBS=/path/to/my/R/local/project